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容易被误读的电泳图（核酸电泳经验之谈1）

作者：新景实验室

版权说明：本文系原创文章转载请标注出处和本文链接

近期连续接到电泳小白的质量投诉，究其原因是看电泳没经验--感觉很有必要就一种很容易被误读的电泳图进行深入分析：

大家第一眼看上去觉得最后一孔出现拖尾带是个什么情况？拖尾严重且DNA主带较暗，是DNA降解了吗？

错。主带（长片段）是基因组DNA，拖尾带是残留的降解RNA条带。--凭什么这么说？

1. 用户提取的是新鲜分离的小鼠肝脏组织DNA，并且没有加RNA酶消化。

2. 同样条件提取的DNA（第六孔）残留的拖尾带是不连续的，集中在某一区域（可以解读为残留的降解RNA较少，如果降解DNA的典型带型参考图四）。

所以小编立刻坚决地否定了用户有关DNA有降解的投诉，并预言：

1.如果在提取DNA时加入RNase A就不会出现这种现象。

2.延长电泳时间，RNA拖尾会消失，DNA主带会变亮。

3.将电泳凝胶放置一段时间（如过夜），拖尾带会变暗甚至消失，而DNA主带会变亮（可能变模糊但不会消失）。

用户带着满满的疑惑尝试了延长电泳，结果对比如图二：

有人也许会有疑问，如果不是DNA降解的话，那么DNA主带为什么会这么暗呢？其实这并非DNA量少产生的，而是由于残留的RNA过多以致电泳过程中将大部分EB带走，使得DNA主带没有足够的EB对其进行染色。但是如果继续电泳一段时间，或者干脆电泳至RNA跑到电泳缓冲液中后，DNA也就会染上足够的EB了，这时就能看到正常亮度的DNA主带了。

我们来看看真正有降解的DNA条带是怎样的吧：

是不是觉得第二孔和图一的第七孔很像呢？如果小编说这是DNA降解的拖尾而不是RNA降解的拖尾，是不是有点懵了。也许你们会想这看上去和刚才那RNA降解的条带没什么不同，凭什么说是DNA降解呢？别急，既然刚刚解释过如果小片段的RNA过多会将EB带走而导致跑得慢的长片段DNA没有足够的EB染上染色，那么小片段的DNA（降解的DNA）也会有同样的效果了。如果把电泳时间延长的话就能看出不同的结果了，如下图：

是不是觉得有点不可思议，刚开始相似的两幅电泳图最后却是不同的电泳结果，那么怎么去判断呢？最简便的判断方法就是看提取的样本是否是新鲜样本。如果是新鲜的样本，那么拖尾的就是降解的RNA，因为新鲜的样本一般不会出现DNA降解，但是很容易残留RNA；如果是陈旧的样本，那么一般来说拖尾就属于降解的DNA了。

如果不能确定样本是否新鲜，那么另一种有效的判断方法就是延长电泳时间。如果是降解RNA造成的拖尾，那么延长电泳时间后就会使RNA完全降解或者使RNA跑到缓冲液中。但是降解DNA造成的拖尾则不会出现这种现象，因为DNA降解时有很多片段仍然比较大，很难跑到缓冲液中，并且DNA比RNA稳定，不会在电泳的时间中出现很明显的降解或消失。

所以在分析凝胶电泳图时，充足的电泳时间也很有必要，这样不仅可以使DNA Marker的各条带分开，容易对比长度，也能确认是何种核酸残留所造成的拖尾。