1） 细菌沉积在管底，难以用旋涡振荡充分悬浮。如果要收集超过5ml细菌培养物，却仍然使用快速收集菌体（12000 rpm 离心30秒）的方法，可能会导致收集的菌体难以悬浮，此时可尝试用移液器吸头吹打菌体沉淀的方法悬浮细菌；或者改为3000 rpm离心5分钟收集菌体。
2） 加入Buffer II后，溶液变得非常粘稠，无法流动。通常造成上述原因是细菌用量过多所至，请适当减少细菌用量。
3） 加入Buffer II后，溶液未呈现粘稠的半透明状，而是维持细菌在Buffer I中的浑浊状，无粘滞感。上述现象通常是因为细菌培养物中污染有大量的真菌，或者革兰氏阳性细菌等不能被Buffer II 所溶解的微生物所致。应确保从新鲜制备的含抗生素的平板中挑取单克隆菌落接种培养，而非用甘油菌接种。
4） 离心后沉淀不能沉积到管底，呈膨胀物的形式悬浮在液体中。通常是由于加入Buffer N8(III)后未充分中和所致，请翻转离心管10次后再次离心。
5） 质粒DNA上样电泳时，加入上样孔的DNA溶液不能下沉，上浮飘散开来。通常是因为高速空离步骤没有操作，洗脱的质粒中乙醇含量过多所致。