1） 限制性酶切后电泳质粒消失，没有条带，或者电泳条带出现严重的拖尾现象。可能是选用了野生型的或者是end A+的宿主菌所致，并且未用Buffer W1洗涤纯化柱。请确保用Buffer W1洗涤纯化柱，或者按附录中的方法对质粒DNA作进一步的纯化。
2） 酶切不能完全切开。本试剂盒纯化得到的质粒DNA不存在酶切抑制物，可直接用于酶切（比如20 μl酶切体系中，除去2 μl 10×酶切缓冲液和1 μl限制性内切酶的体积后，可直接加入17 μl洗脱的质粒DNA用于酶切）。如果酶切不能完全切开，应尝试减少质粒DNA的用量，或者增加限制性内切酶的用量，并适当延长酶切时间。